Das Kommissariat der deutschen Bischöfe ist 1950 mit Sitz in Bonn gegründet worden. Sein erster Leiter war der Kölner Domkapitular Prälat Wilhelm Böhler, der bereits 1948/49 als Bevollmächtigter der deutschen Bischöfe die kirchlichen Anliegen bei der Ausarbeitung des Grundgesetzes vertreten und seit 1949 als Beauftragter des Vorsitzenden der Fuldaer Bischofskonferenz bei der Bundesregierung in Bonn gewirkt hatte. Nachfolger Böhlers wurde 1958 Prälat Wilhelm Wissing aus dem Bistum Münster. Ihm folgten der Weihbischof und spätere Bischof von Münster Heinrich Tenhumberg, der Prälat und spätere Weihbischof Wilhelm Wöste, ebenfalls Bistum Münster, sowie - von 1977 bis 2000 - der Würzburger Prälat Paul Bocklet. Seit 2000 leitet Prälat Karl Jüsten aus dem Erzbistum Köln das Kommissariat. In dem selben Jahr wurde die Dienststelle nach Berlin verlegt und von "Kommissariat der deutschen Bischöfe - Katholisches Büro Bonn -" in "Kommissariat der deutschen Bischöfe - Katholisches Büro in Berlin -" umbenannt.
Einen besonderen Meilenstein in der Geschichte des Katholischen Büros stellte am 22. September 2011 der Besuch von Papst Benedikt XVI. in der Bundesrepublik Deutschland dar. Während seines Aufenthaltes in Berlin trafen der Papst und Bundeskanzlerin Dr. Angela Merkel in der Bibliothek des Katholischen Büros zu einem Gespräch zusammen.
Die beiden großen christlichen Kirchen nehmen anlässlich der Sachverständigenanhörung im Innenausschuss des Deutschen Bundstages zu ausgwählten Regelungen des Entwurfs eines Gesetzes zur Einführung beschleunigter Asylverfahren (BT-Drs- 18/7538) Stellung.